Quá trình phát triển được bắt đầu vào năm 2010. Samorost 3 được phát triển bởi một nhóm gồm sáu người. Những người phát triển đã vẽ dựa trên nguồn cảm hứng nghệ thuật từ phim hoạt hình của những đạo diễn người Cộng hòa Séc như Karel Zeman, Jan Švankmajer, Jiří Barta hoặc Břetislav Pojar. Một nguồn cảm hứng khác là từ những bộ phim bởi nhà sản xuất hoạt hình người Nga Yuriy Norshteyn. Trò chơi bao gồm 45 màn ảnh được thay đổi nhiều lần trong quá trình phát triển.[5][6] Một phần quan trọng khác của quá trình phát triển là những âm thanh. Chúng được tạo ra bởi Bára Kratochvílová và Miloš Dvořáček bằng cách tạo ra những âm thanh kì quái vào micro. Các âm thanh khác được tạo ra bởi Tomáš Dvořák bằng cách sử dụng đồng thời nhiều dụng cụ, ví dụ như tiếng kẹo mút được tạo ra từ đàn dương cầm. Dvořák đồng thời cũng soạn nhạc cho trò chơi.[7][8]

Samorost 3 được phát hành vào ngày 24-03-2016 dành cho Steam[9], và ngày 3-12-2016 dành cho Android.[10]